误区1：有机农业是不可实现的
有人认为种地离不开农药和化肥，因此有机农业几乎不可能实现。在这种思想影响下，相当一部份人觉得有机就应在那些“穷乡僻壤”的地方发展，有机农业由此进一步被边缘化。事实上有机农业代表了农业的一种环境友好型发展模式，它不应受地域方位影响，任何地方均可以开展有机农业，实践已证明有机农业是完全可以实现的。
误区2：有机农业等于低产农业
“有机农业即低产农业”变成一个普遍被“接受”的观点。但实践证明，有机蔬菜的产量还略高于常规种植的蔬菜，由此可以推论：有机并不意味着低产。
误区3：有机农业就是回归传统
一部分人认为有机农业即传统农业，就是回归。实质上，这是一种消极的观点。现代农业的发展离不开科学技术的支持，目前有机农业发展较好的一些国家如德国、丹麦等，均采用了相当多的新型技术，回归传统摆脱现代技术是不可行的。
误区4：有机食品营养价值高
2001年发表在医疗杂志的一篇文章指出，有机作物中的21种必需营养元素均高于常规作物，其他研究也表明有机蔬菜、水果中含有较高的维生素以及多酚、抗氧化物。这可能与种植环境、土壤等很多方面有关。公众普遍认为有机食品相比于常规食品要“更营养”，觉得不施化肥和农药就意味着营养高，而科学研究并没有证明这一观点。
误区5：有机农业就是环保安全的
消费者普遍认为有机农业一定是环保的、安全的。这种观点有一定的科学性。但实际上安全、环保均是一个相对的概念，如果有机农业投入大量没有处理好的农家肥，也会带来潜在的重金属和微生物污染。从环保角度看，有机农业可以在改善土壤、保持水分、维护生物多样性等方面有帮助，但是有机系统与常规系统对温室气体的排放差别并不大。
误区6：有机农业可以离开土壤
国内一些地方近年在推广有机无土栽培技术，把无土栽培引入有机农业，这与有机农业的宗旨是相违背的。有机农业的四个原则中(健康、生态、公平、关爱)，提倡有机农业应该保持和促进土壤、植物、动物、人类健康，并把它们作为一个整体，不可分割。有机农业的一个核心就是培育健康的土壤。通常来说，有机土壤颜色发黑、结构疏松，而且蚯蚓密度高出常规土壤，是无土栽培所难以达到的。
误区7：有机农业是未来农业的唯一方向
经过20余年的发展，全球有机农业种植面积仍只占到农作物种植面积的2%～5%，在可预见的未来20年时间内，有机农业在多数国家也不会成为农业的唯一的方向。而且有机农业的发展跟常规农业发展并不矛盾，未来，常规农业也应该往无害化环保方向发展，有机农业当然也要为常规农业提供一些支持。